روح لله خمينی به عنوان صادر کننده فرمان قتل عام و احمد خمينی به عنوان نویسنده متن حکم قتل عام و پيگيری کننده اجرای آن، نقش اساسی را در این کشتار بزرگ داشتند. فرمان خمينی برای قتل عام زندانيان مجاھد در شش مردادماه ۶٧ صادر شده است؛ در شھریور ١٣۶٧ حکم جدیدی برای قتل عام زندانيان مارکسيست صادر شد که متأسفانه تاکنون متن آن انتشار نيافته و مشخص نيست حکم، شفاھی بوده یا کتبی؛ متن فرمان خمينی برای قتل عام زندانيان مجاھد به شرح زیر است :
" بسم لله الرحمن الرحيم
از آن جا که منافقين خائن به ھيچ وجه به اسلام معتقد نبوده و ھر چه می گویند از روی حيله و نفاق آنھاست و به اقرار سران آن ھا از اسلام ارتداد پيدا کرده اند، و با توجه به محارب بودن آنھا و جنگھای کلاسيک آنھا در شمال و غرب و جنوب کشور با ھمکاریھای حزب بعث عراق و نيز جاسوسی آنان برای صدام عليه ملت مسلمان ما، و با توجه به ارتباط آنان با استکبار جھانی و ضربات ناجوانمردانه آنان از ابتدای تشکيل نظام جمھوری اسلامی تاکنون، کسانی که در زندان ھای سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و میکنند، محارب و محکوم به اعدام می باشند و تشخيص موضوع نيز در تھران با رای اکثریت آقایان حجت الاسلام نيری (دامت افاضاته) قاضی شرع و جناب آقای اشراقی دادستان تھران و نماینده ای از وزارت اطلاعات می باشد، اگر چه احتياط در اجماع است، و ھمين طور در زندان ھای مراکز استان کشور، رای اکثریت آقایان قاضی شرع، دادستان انقلاب و یا دادیار و نماینده اطلاعات لازم الاتباع می باشد، رحم بر محاربين ساده اندیشی است . قاطعيت اسلام در برابر دشمنان خدا از اصول تردید ناپدیر نظام اسلامی است. اميدوارم با خشم و کينه انقلابی خود نسبت به دشمنان اسلام، رضایت خداوند متعال را جلب نمایيد . آقایانی که تشخيص موضوع به عھده آنان است، وسوسه و شک و تردید نکنند و سعی کنند « اشدا علی الکفار» باشند؛ تردید در مسائل اسلام انقلابی، نادیده گرفتن خون پاک و مطھر شھدا میباشد؛ والسلام ، روح الله الموسوی الخمينی "

منبع : خاطرات منتظری، اتحاد ناشران ایرانی در اروپا، صفحه ۵٢٠

احمد خمينی در نامه ای خطاب به منتظری به صراحت از مسئوليت خود در رابطه با فرمان قتل عام زندانيان سياسی صحبت می کند؛
" مسئوليت شرعی حکم مورد بحث [ قتل عام زندانيان سياسی ] با من است جنابعالی نگران نباشيد. خداوند شر منافقين را از سر ھمه کوتاه فرماید؛ ١۵ مرداد ١٣۶٧ ، ارادتمند، احمد خمينی "

رئيس حكام شرع

حسینعلی نیری رئیس حکام شرع اوین در مرداد ۶۷ طی حکمی از سوی خمینی به ریاست هیئت ‌قتل عام زندانیان سیاسی منصوب شد.

اعضای ھيئت قتل عام ١٣۶7

از راست به چپ: اسماعيل شوشتری -علی مبشری -مصطفی پورمحمدی -حسينعلی نيری - ابراھيم رئيسی

مسوولان وزارت اطلاعات در دوران قتل عام :

از راست به چپ: رديف اول، محمد محمدی ری شھری (وزير) -علی فلاحيان (قائم مقام) - مصطفی پورمحمدی
رديف دوم: غلامحسين محسنی اژاه ای -روح لله حسسينيان -احمدپورنجاتی
رديف سوم: علی اصغر حجازی و غلامحسسين محمدی گلپايگانی

مسئولان شورای عالی قضايی در دوران قتلهااز راست به چپ: مرتضی مقتدايی- سيد عبدالکريم موسوی اردبيلی- محمد موسوی خوئينی ھا- سيد محمد موسوی بجنوردی- سيد محمد حسن مرعشی شوشتری